Človek už na najnižšom stupni vývoja zistil, že rastliny mu môžu slúžiť nielen ako potrava, ale i na liečenie a že mnohé z nich sú aj nebezpečné. Empirickou fomou náhod i omylov sa tak utvorila skupina liečivých rastlín, ktoré sa predtým používali nespracované. Mnohé z nich poznali už starí Sumeri, Babylončania i Asýrčania.

Na základe empírie sa mnohé z liečivých rastlín začali spracúvať na výluhy a extrakty; napr. Ebersov papyrus zo starého Egypta (1500 rokov pred n. l.) uvádza celý rad receptov. Podstata terapeutického efektu však ostávala neobjasnená, základ mu položili až Gréci a Rimania.

Prvý prehľad liečivých rastlín zostavil v antike (5. stor. pred n.l.) Demokritos, ktorý čerpal z egyptských prameňov. V druhej polovici 5. stor. rozvinula svoju činnosť Hippokratova škola, a tá už vychádzala z empírie. V polovici 4. stor. pred n. l. položil základy systematickej botaniky Theofrastos. 

Následne v 1. stor. pred n. l. zhrnul Plínius vo svojom diele o prírodných vedách všetko, čo našiel v literatúre, a uvádza asi 1 000 liečivých rastlín. V tom období aj žijúci Dioskorides zostavil liečivé rastliny do akéhosi prirodzeného systému vo svojom diele De Materia Medica, ktoré bolo v 15. storočí autoritou v botanike a v medicíne.

Jednotnú lekársku  sústavu  a pevný základ medicíne položil v 2. stor. Galenos, ktorý bol tiež výborým znalcom liečivých rastlín. Osobitné miesto v jeho predpisoch zaujímali liečivé rastliny a prípravky z nich, preto sa jeho meno dodnes spomína vo farmácii na označenie liekových foriem (galenické prípravky, príp. aj pomenovanie galenická farmácia).

Už starovek diferencoval terapiu:  contraria  contrariis  – liečiť protichodné  protichodným  – základ dnešnej oficiálnej liečby, alopatiu (grécky allos – iný a pathos – choroba – vyvolanie obranného procesu v tele liekmi opačného účinku – napr. pri bolesti podávať liek proti bolesti) a similia similibus – rovnaké rovnakým – podávanie minimálnej dávky takého liečiva, ktoré vo väčších dávkach vyvolá príznaky, ako má liečená choroba – základ dnešnej homeopatie.

Aj liečivosť bylín sa vykladala z rozličných hľadísk; predovšetkým liečilo meno rastliny a ľudove sa aj verilo, že každá rastlina má v tvare naznačenú liečivosť – signatura plantarum, signatura rerum – mečovité listy rastlín liečia sečné a bodné rany, žlté kvety žltačku, červené krvné choroby, chlpatá žihľava je na rast vlasov, alchemilka pre poskladané listy lieči ženské choroby a pod., čo je historicky zaujímavé, ale nevedecké a väčšinou nepravdivé.

Ďalší rozvoj nastal za feudalizmu – vznikali kláštory, v ich záhradách sa pestovali mnohé liečivé rastliny (šalvia, ruta, mäta, fenikel) a mnísi súčasne poskytovali liečebnú starostlivosť. K poznávaniu liečivých rastlín  v tomto období veľmi prispela aj moslimská časť sveta – v 9. stor. zakladané „arabské domy múdrosti“ zdokonalili destilačné procesy, začal sa vyrábať alkohol – základ antiseptika, a spomedzi znalcov liečivých rastlín a výborných lekárov treba uviesť Avicennu (†1037) a Ibn al-Bajtara (†1248).

Na rozšírení počtu liečivých rastlín mali veľký vplyv objavné cesty do Indie a Ameriky a z nich sa doviezli dodnes v terapii používané liečivé rastliny, ako je napr. kôra chinínovníka. Rozšíreniu pomohlo aj vynájdenie kníhtlačiarstva (Guttenberg – r.1440), drevorytectva – začali sa vydávať ilustrované herbáre.

U nás azda najznámejší je zo 16. stor. Petra Andreja Mattioliho (1501 – 1577), z novodobých z polovice 18. stor. frátra Cypriána z Červeného kláštora, r. 1793 vyšiel prvý slovensky písaný herbár Malí zelinkár Juraja Fándliho a z novších treba spomenúť Slovenský herbár z r. 1946 významného botanika J. Futáka s ilustráciami bratislavského lekárnika D. Wagnera.

Až v období renesancie sa začali dávať do súvislosti konkrétne obsahové látky liečivých rastlín a ich účinok. Paracelsus (prvá polovica 16. stor.) hlásal, ôže nie celá rastlina, ale jej „účinný princíp“ (quinta essencia) lieči – ten sa však v jeho období nepodarilo izolovať. Zásadný obrat prinieslo vynájdenie mikroskopu (1670) – prispelo k rozvoju anatómie a morfológie rastlín, osvietenectvo – rozvoj vied a vydávanie vedeckých časopisov a prelom 18. a 19.stor.– najmä izolácia obsahových látok.

V tomto čase dochádza aj k diferenciácii farmakognózie ako vedného odboru – dovtedy bola súčasťou „materia medica“ spolu s farmakológiou, botanikou a zoológiou. Farmakognózia ako predmet sa vyskytla aj v novom skúšobnom poriadku Trnavskej univerzity r. 1774 a jej prvé pomenovanie je v doktorskej práci S. A. Seydlera – študenta v Halle Analecta Pharmagnostica r. 1815 (z gréckeho „pharmacon“ – liek, jed a „gignosco“ – poznávam). Farmakognózia sa vtedy zaoberala poznávaním všetkých liečiv, nielen prírodného pôvodu, čo jej ostalo dodnes.

Nespokojnosť s výsledkami alopatických liečebných postupov viedla v minulom storočí k založeniu homeopatie, ktorá vychádza zo spomínanej zásady similia similibus curantur – rovnaké liečiť rovnakým, ktorej základy položil lipský lekár Samuel Hahnemann (1755–1843) asi r.1800. Východiskovou surovinou sú zväčša liečivé rastliny a homeopat musí podať chorému silne potenciované (riedené) také liečivo, ktorého príznakový profil najlepšie zodpovedá súboru príznakov ochorenia (pravidlo podobnosti – simile – princíp) – diagnóze liečiva. Za fytoterapeutikum však možno označiť iba taký prípravok, ktorý obsahuje rastliny alebo ich biologicky aktívne zložky, ktorých obsah a účinnosť sa dá dokázať, čo tu nie je možné; označenie homeopatík za fytoterapeutická je preto zavádzajúce (Lüllmann, H. a kol., 1994).

Laický názor o neškodnosti homeopatík je veľkým omylom – nevedú síce k otravám, ale naordinovať také, čo majú so symptómami pacienta najväčšiu podobnosť, vie iba odborník – lekár – homeopat.